Pode-se separar os personagens do jogo em dois grupos. Os protagonistas, que serão os salvadores do mundo e a Shinra, composta por vários personagens, entre eles o grupo SOLDIER. Pertencente a este grupo, Sephiroth se descola da Shinra e segue sua própria história, que irá ameaçar toda a existência do planeta.
Protagonistas
Cloud se destaca. Cloud é um ex-SOLDIER (pelo menos, ele acha que é), que agora é um mercenário que irá trabalhar para a AVALANCHE, grupo rebelde que busca acabar com a atividade de exploração de Mako da Shinra. O jogo vai se desenrolando com personagens que irão se juntar à Cloud em sua missão, que logo será não mais acabar com a Shinra, mas derrotar Sephiroth; este sim, uma ameaça clara e imediata ao planeta. Aerith é filha da Ancient Ifalna com o cientista Gast, que será fundamental para salvar o planeta. Tifa, Barret, Red XIII/Nanaki, Yuffie, Cid, Cait Sith e Vincent também fazem parte do grupo que irão realizar a batalha final contra Sephiroth.
Shinra
A Shinra é composta em sua maioria por vilões, como o imoral Hojo, que matou o pai da Aerith e vive fazendo experimentos anti-éticos, até mesmo com seu próprio filho com Lucrecia, Sephiroth, que recebeu células de Jenova ainda na barriga da mãe. E existem personagens em que não é tão fácil apontar como vilões, como os Turks e Rufus Shinra. Rufus herda a empresa do pai, morto por Sephiroth e continua a explorar Mako e a buscar a Terra Prometida, mas usa o poderio da Shinra contra Sephiroth, contra os Weapons que tentam destruir cidades e contra o Meteoro invocado por Sephiroth para destruir o planeta.