Você está no planeta Gaia e acompanhará a história de Zidane, membro da Tantalus, um grupo de ladrões que também são artistas de teatro. Tantalus é composta por Blank, Marcus (muito amigo de Blank), Ruby, Cinna, Zenero, Benero, além do líder, Baku, que é como um pai para Zidane. Zidane é um genome criado por Garland já na forma adulta, que criou também Kuja e Mikoto. Garland também é um genome, criado pelos habitantes de Terra, um planeta que decaiu. Garland tem a missão de ressuscitar este planeta via conquista do ciclo de almas de Gaia, o planeta em que Zidane e Kuja são enviados por Garland para concluir a missão de conquista. Zidane, por alguma falha em sua criação, não tem consciência de sua missão, mas é criado com mais força que Kuja, que tem consciência de sua missão e tem ciúmes de Zidane ser preferido por Garland.
Para cumprir sua missão, Kuja incita a guerra entre as nações do mundo, desempenhando o papel de um traficante de armas. Ele cria os Black Mages, que são autômatos com poder mágico e são tratados como armas. Um desses Black Mages é Vivi, um dos companheiros de Zidane durante a história. Ele é um black mage que ganha consciência, pois ele caiu de um transporte e foi encontrado por Quan, um membro da raça Qu que cuida dele. Quan foi mestre de Quale, que é o mestre de Quina, que também será companheiro de Zidane nesta aventura.
Logo no começo do jogo você joga com Vivi, que faz amizade com Puck, príncipe da nação de Burmecia. Ele está vagando pelo mundo, após questionar a política isolacionista de seu reino. Durante suas viagens ele encontra Fratley, guerreiro de Burmecia, mas agora com amnésia. Fratley não lembra mais de sua amada Freya, que vai acabar se juntando ao grupo de Zidane.
Voltando a Kuja, ele toma certas ações para incitar a guerra entra as nações, influenciando Brahne, rainha de Alexandria a começar guerra contra todas as nações construindo um exército de black mages projetados por Kuja, em busca do controle das eidolons, seres de grande poder. A tomada de certos cristais dão controle das eidolons e Brahne fará guerra para obtê-los. Tudo isto causa caos em Gaia, que serve ao propósito de Garland. Mas Kuja quer o poder das eidolons para si, traindo Garland. Garnet é a filha adotiva da rainha Brahne, criada como filha biológica, mas na realidade ela é descendente dos summoners de Madain Sari que tinham controle dos eidolons. Brahne a cria com amor, pois ela parece com a sua filha biológica que morreu. Mas isto até a morte do seu marido, um ano antes dos eventos do jogo. Perder uma filha e marido cria um buraco no seu coração, que torna possível a influência de Kuja.
A família real de Alexandria são Brahne e Garnet. A rainha é protegida diretamente por sua general Beatrix, que é leal a rainha e irá liderá os ataques as nações. A lealdade dura até que a rainha coloca a princesa em risco de vida, o que faz Beatrix se voltar contra o reino. O cavaleiro Steiner é sempre leal a princesa Garnet e é encarregado por sua proteção. Steiner acaba participando a contra-gosto do grupo de Zidane, já que deve proteger a princesa. Mas Steiner também mostra ser um defensor da justiça, e quando algo errado acontece em sua frente, ele não mede esforços para combater o mal, como é visto quando uma série de black mages são massacrados durante a aventura. Zorn e Thorn são magos da corte de Alexandria e servem a rainha. Pelo menos até sua morte, quando passam a servir Kuja. Doctor Tot foi tutor de Garnet e também ajudará o grupo de Zidane durante a aventura. Um ano antes da história do jogo começar, Tot deixa Alexandria e vai estudar sobre o planeta Gaia em Treno.
Outros companheiros de Zidane serão Eiko e Amarant. Eiko é uma summoner de Madain Sari que ganha afeição por Zidane. Ela vive em Madain Sari acompanhada por vários moggles. Em especial Mog, que vive sempre com Eiko. Amarant e Lani eram companheiros que foram contratados por Brahne para confrontar o grupo. Amarant acaba fazendo parte do grupo, querendo competir com Zidane e entender o porquê dele ter poupado sua vida.
A história do jogo começa a se desenrolar quando Cid, regente da nação de Lindblum, ordena o "sequestro" de Garnet ao grupo Tantalus. Cid é tio de Garnet, pois era o melhor amigo do marido de Brahne, e está preocupado com a segurança de sua sobrinha. Ele é casado com Hilda, que o deixou após descobrir sua infidelidade, não antes de lançar um feitiço em Cid que o transforma em um oglop. Ela depois é capturada com seu dirigível Hilda Garde e mantida como refém por Kuja. A aventura central se dará quando Zidane começa a ser importar por Garnet e se envolver totalmente em sua proteção, o que acaba culminando no confronto direto contra Kuja.