Você começará o jogo em Balamb Garden, controlando Squall, que logo virará membro da SeeD, se juntando à Quistis, Selphie e Zell para cumprir missões da SeeD. Cid é o diretor da Balamb Garden que lhe dá sua primeira missão em favor dos Forest Owls, um grupo rebelde de Timber, composto por Rinoa (filha do general Caraway de Deling City com a cantora Julia), Zone e Watts. Cid também é casado com Edea, uma mulher atualmente controlada pela feiticeira do futuro, Ultimecia, que irá matar o President Deling para tomar controle do continente de Galbadia. Edea terá como seu cavaleiro Seifer, que estudou junto de Squall, mas não se dão bem e tem como seguidores Fujin e Raijin.
Com o tempo, seu grupo será adicionado de Irvine, de Galbadia Garden, que você aprenderá que conviveu com Squall e os outros em um orfanato anos atrás. Neste orfanato também havia uma garotinha chamada Ellone, com uma habilidade especial de enviar consciências para habitar corpos através do tempo. Esta habilidade é desejada por Ultimecia para conseguir realizar a compressão do tempo. Há anos atrás, Ellone foi uma órfã criada por Raine, uma mulher que casou com Laguna. Laguna é um soldado de Galbadia que tem como amigos Kiros e Ward. Ellone é sequestrada por forças de Esthar, então Laguna parte em uma série de aventuras para salvar Ellone, deixando Raine grávida de Squall, seu filho com Raine. Laguna acaba salvando Ellone, conseguindo aprisionar a ditadora de Esthar, a feiticeira Adel, no espaço. Laguna vira presidente de Esthar e acha melhor deixar Ellone no orfanato.
A história do jogo tem como protagonista Squall, que começa com o propósito de cumprir missões para a SeeD, mas o propósito logo muda para a proteção incondicional de Rinoa, o que faz o jogo virar uma verdadeira história de amor.